Pembinaan dan pencirian perpustakaan genom siakap (Lates calcarifer)

Abstract

Siakap (Lates calcarifer) merupakan spesies ikan yang penting dari segi ekonomi di Malaysia. Dalam kajian ini, satu perpustakaan genom L. calcarifer telah dibina. DNA genom telah dipencil daripada tisu otot L. calcarifer, diserpih secara nebulisasi, dibaiki hujung tumpul dan diligasi ke dalam vektor plasmid pCR®4Blunt-TOP®. Campuran ligasi seterusnya telah ditransformasikan ke dalam Escherichia coli. Bagi mencirikan perpustakaan genom yang terhasil, DNA plasmid telah diekstrak daripada klon-klon rekombinan yang dipilih secara rawak. Elektroforesis gel agaros menunjukkan klon-klon rekombinan ini membawa selitan DNA yang bersaiz di antara 0.5 kb - 3.5 kb, dengan purata saiz 1.7 kb. Seterusnya, penjujukan DNA telah dijalankan dengan menggunakan DNA plasmid yang diperoleh sebagai templat. Sebanyak 121 jujukan rawak telah dihasilkan daripada perpustakaan genom L. calcarifer ini. Analisis jujukan rawak memberikan implikasi yang perpustakaan ini adalah representatif bagi genom L. calcarifer. Berdasarkan persamaan dengan jujukan dalam pangkalan data, 17% jujukan rawak ini didapati mempunyai keputusan BLAST yang bermakna, yang menunjukkan mereka mewakili gen L. calcarifer. Analisis dengan menggunakan perisian RepeatMasker menunjukkan sebanyak 25% jujukan rawak ini dikenal pasti sebagai unsur berulang. Pencirian awal terhadap perpustakaan genom ini menunjukkan ia berpotensi sebagai sumber yang berguna dalam kajian genom L. calcarifer.